html текст
All interests
  • All interests
  • Design
  • Food
  • Gadgets
  • Humor
  • News
  • Photo
  • Travel
  • Video
Click to see the next recommended page
Like it
Don't like
Add to Favorites

Антибиотики пойдут из России

Фото: epidemiolog.ru

Фото: epidemiolog.ru

Найден алгоритм, ускоряющий поиск новых антибиотиков

Молодые сотрудники Центра алгоритмической биотехнологии Санкт-Петербургского университета под руководством Павла Певзнера вместе с ассистент-профессором Университета Карнеги — Меллон (США) Хосейном Мохимани разработали компьютерную программу, ускоряющую поиск новых антибиотиков.

По словам доцента СПбГУ, кандидата физико-математических наук Антона Коробейникова, алгоритм VarQuest позволяет быстро сравнивать две базы данных — химические структуры известных биологически активных природных соединений (так называемых natural products) и физические замеры (масс-спектры) веществ, которые производят исследуемые микроорганизмы.

«В каждой базе данных — десятки тысяч соединений, и наш алгоритм оперативно находит похожие пары, — рассказал Коробейников. — Обнаружив новое соединение, похожее на известное биологически активное вещество, учёные подвергают его более детальной проверке. Потому что всегда предполагается, что обнаруженное новое соединение окажется эффективнее, чем его изученные аналоги из базы данных».

«Учёные всего мира бьют тревогу: многие болезнетворные бактерии стали устойчивы к существующим антибиотикам, и нужно создавать всё новые и новые, — рассказал главный автор работы, младший научный сотрудник лаборатории Алексей Гуревич. — Появление нового антибиотика на рынке состоит из двух этапов: поиск биологически активного природного вещества, которое войдёт в основу лекарства, и последующее апробирование его эффективности на животных и людях.

Ускорить второй этап невозможно — это может привести к губительным последствиям, а первый — вполне. Ведь в основе большинства современных антибиотиков лежат природные соединения, и чтобы быстрее найти соединения с заданными свойствами, как раз и нужны вычислительные методы, способные обрабатывать огромные массивы экспериментальных данных. Наш алгоритм позволит во много раз сократить время, необходимое для поиска новых потенциальных антибиотиков».

Крупнейшая база замеров природных соединений собрана учёными из лабораторий разных стран мира и на сегодняшний день содержит уже более миллиарда масс-спектров. Она расположена на платформе GNPS (The Global Natural Product Social Molecular Networking), так же как и VarQuest, которым теперь могут свободно пользоваться все зарегистрированные на платформе исследователи.

В 1960 годах советские исследования в этой сфере находились на самом передовом рубеже науки. В 1985 году СССР произвёл 2300 тонн антибиотиков, а в 2005-м их производство в России на собственном сырье было полностью остановлено.

VarQuest может внести большой вклад в возрождение российской индустрии антибиотиков, помогая исследователям секвенировать геномы бактерий и грибов, выделяющих природные антибиотики.

Разработка алгоритма VarQuest проходила в рамках исследования, финансируемого Российским научным фондом (РНФ) и Американским национальным институтом здоровья.

В нём принимали участие Алексей Гуревич, Алла Михеенко, Александр Шлемов, Антон Коробейников и Хосейн Мохимани. Результаты опубликованы в журнале Nature Microbiology.

Теги:
События: наука
Читать дальше
Twitter
Одноклассники
Мой Мир

материал с rusplt.ru

1

      Add

      You can create thematic collections and keep, for instance, all recipes in one place so you will never lose them.

      No images found
      Previous Next 0 / 0
      500
      • Advertisement
      • Animals
      • Architecture
      • Art
      • Auto
      • Aviation
      • Books
      • Cartoons
      • Celebrities
      • Children
      • Culture
      • Design
      • Economics
      • Education
      • Entertainment
      • Fashion
      • Fitness
      • Food
      • Gadgets
      • Games
      • Health
      • History
      • Hobby
      • Humor
      • Interior
      • Moto
      • Movies
      • Music
      • Nature
      • News
      • Photo
      • Pictures
      • Politics
      • Psychology
      • Science
      • Society
      • Sport
      • Technology
      • Travel
      • Video
      • Weapons
      • Web
      • Work
        Submit
        Valid formats are JPG, PNG, GIF.
        Not more than 5 Мb, please.
        30
        surfingbird.ru/site/
        RSS format guidelines
        500
        • Advertisement
        • Animals
        • Architecture
        • Art
        • Auto
        • Aviation
        • Books
        • Cartoons
        • Celebrities
        • Children
        • Culture
        • Design
        • Economics
        • Education
        • Entertainment
        • Fashion
        • Fitness
        • Food
        • Gadgets
        • Games
        • Health
        • History
        • Hobby
        • Humor
        • Interior
        • Moto
        • Movies
        • Music
        • Nature
        • News
        • Photo
        • Pictures
        • Politics
        • Psychology
        • Science
        • Society
        • Sport
        • Technology
        • Travel
        • Video
        • Weapons
        • Web
        • Work

          Submit

          Thank you! Wait for moderation.

          Тебе это не нравится?

          You can block the domain, tag, user or channel, and we'll stop recommend it to you. You can always unblock them in your settings.

          • rusplt
          • ученые
          • университет
          • исследования
          • россия
          • ссср
          • америка
          • домен rusplt.ru

          Get a link

          Спасибо, твоя жалоба принята.

          Log on to Surfingbird

          Recover
          Sign up

          or

          Welcome to Surfingbird.com!

          You'll find thousands of interesting pages, photos, and videos inside.
          Join!

          • Personal
            recommendations

          • Stash
            interesting and useful stuff

          • Anywhere,
            anytime

          Do we already know you? Login or restore the password.

          Close

          Add to collection

             

            Facebook

            Ваш профиль на рассмотрении, обновите страницу через несколько секунд

            Facebook

            К сожалению, вы не попадаете под условия акции